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苹果树干腐病和腐烂病为害很相似，均能造成枝干皮层腐烂，枝条枯死或枝干死亡，均能在病斑表面形成小黑点。两者不同之处有以下几点：（1）干腐病病斑比较浅，皮层不容易烂透；腐烂病病斑比较深，皮层易烂透。
（2）干腐病病部无特殊气味；腐烂病有很浓的酒糟味。
（3）干腐病表面有纵横裂纹及“油皮”；腐烂病病斑边缘开裂，无“油皮”。（4）干腐病病斑小黑点小而密；腐烂病病斑小黑点大而疏。
（5）潮湿时，干腐病病斑黑点上冒出灰白色粘液；腐烂病小黑点冒出橘黄色丝状物。
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