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辣椒灰霉病是由灰葡萄孢属真菌侵染所致，与黄瓜、番茄灰霉病是同一病原。病菌以菌丝、菌核、分生孢子在土壤中或病株残体上越冬。借气流、昆虫、灌溉水或其他农事操作传播流行。病菌发育温度范围为2℃-31℃，最适发病温度为23℃，相对湿度为95%以上。因此，持续较高的相对湿度是辣椒灰霉病发生和流行的主要因素，尤其冬春大棚或温室育苗、苗床湿度过高或连续阴雨天气、气温偏低、密度过大旺长以及放风不及时，最易造成灰霉病的发生和蔓延。南方春播露地，低温多雨时，发病较重。
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