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各类农作物的子粒都有一个最佳的遗传部位，生长在这一部位上的种子种性优良，不易退化，播后苗壮，能提高产量。
甜瓜和其他作物一样，也具有自身的最佳遗传优势部位。甜瓜由于品种不同，整枝方式也不同，但在选择最佳的遗传优势部位时，无论是三蔓还是四蔓式整枝，都以留主蔓的第二个瓜做种为好，侧蔓上瓜的遗传优势比不上主蔓上的瓜。实践证明，甜瓜主蔓上第二个瓜的种子，其发芽率可达100%。
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