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棚室辣椒移栽以后，通常由于温度、湿度等问题，极易发生根部病害，如根腐病、青枯病和疫病等，造成植株成片枯死，不但延误季节，而且会造成严重减产。因此，对于这些根部病害应及早采取措施加以有效防控。
对辣椒根部病害要早发现、早防治，抓住发病初期及时用药防治。一般防治根腐病可用50%甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂600倍液；对青枯病可用绿乳铜600倍液，或70%代森锰锌500倍液；对辣椒疫病可用50%甲霜铜可湿性粉剂500倍液，或50%甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液。
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